12月2日付けの日経新聞によれば、自民税調の本年度税制改正案の内容が固まってきたようです。
http://www.nikkei.co.jp/news/seiji/20061202AT3S0102401122006.html

来年度の税制改正は固定資産の全額損金算入が論点になっていますが、システムへの影響という視点から、この自民税調案と12月1日に出た政府税調案を比較してみます。

政府税調案の、答申要旨から関連箇所を引用すると
http://www.mof.go.jp/singikai/zeicho/top.htm

「償却可能限度額は撤廃すべき。(略)新規取得資産について法廷耐用年数内に取得価額全額を償却できるように制度を見直し、残存価額(10%)を廃止する。償却率についても国際的に遜色のない水準に設定すべき。法廷耐用年数・設備区分については、使用実態を十分把握した上で簡素化などの見直しをする必要がある。」

これだけですと、既存設備の扱いがはっきりしませんが、11月26日の日経新聞の記事等も参考にすると、既存設備についても、償却可能限度額を一気に外す考えのようです。

一方、自民税調案の関連箇所を12月2日の日経新聞から引用すると
「ほぼすべての投資資産を全額損金の対象とする。累計で95%の損金計上がすでに終わっている既存設備については、5年間の経過措置を設け、その間に残りの5%分を損金にすることを認める。新規投資分については税法上の償却期間で投資額の全額が損金にできるようにする」
このような記載になっており既存設備分については、5年間の経過期間中に分割して損金算入させるようです。

両案とも共通しているのは、新規分については全額損金算入可能にする点です。これによって、減価償却システムの償却率テーブル(耐用年数省令 別表9)の見直しは確定です。

既存設備分の扱いが、各税調によって異なるようですが、自民税調の案が通ってしまうと、結構厄介なロジックを追加しなければなりませんので、システム開発に携わるものとしては、政府税調案で進めてほしいものです。