本日、7月7日付けで金融庁より「平成２１年３月決算会社に係る内部統制報告書の提出状況について」が公表されています。

http://www.fsa.go.jp/news/21/syouken/20090707-6.html

既に、7月2日の日経新聞において、内部統制初年度の提出概況は報道されていますが、最終的な集計結果はこちらの数字を参考にされるのがよろしいと思います。
なお、重要な欠陥が指摘された会社数は56社で、日経新聞の報道と同数であり、全体の2.1％にあたります。米国では適用初年度に重要な欠陥（Material Weakness）が指摘された会社の割合は15％程度といわれていますので、我が国における重要な欠陥の判断はかなり限定的なケースに絞られているようです。

この状況は、2009年4月2日付けで金融庁から公表された「内部統制報告制度に関するQ&A」の再追加分が監査人の意見形成に与えた影響の結果と言えましょう。