2008年12月16日付けで法人税基本通達の改正が行なわれており、「10　経過的取扱い」の中に工事進行基準に関連する通達が含まれています。
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/joho-zeikaishaku/hojin/080702/10.htm#k03

【新設】(経過的取扱い(3)…長期大規模工事以外の工事の取扱い)
　平成20年4月1日前に開始した事業年度において着手した平成20年改正法による改正前の法(以下経過的取扱い(3)において「旧法」という。)第64条第2項《長期大規模工事以外の工事の請負に係る収益及び費用の帰属事業年度》の規定(一部略)によりその収益の額及び費用の額の計上につき工事進行基準の方法を適用している長期大規模工事以外の工事(一部略)については、この法令解釈通達による改正前の2-4-19の取扱いは、なお従前の例による。

法人税法における工事進行基準関連の扱いは、平成20年度から適用されているのですが、経過措置によって、平成21年度分から適用することも選択できます。経過措置を適用する場合には、従来の法人税基本通達が適用される旨が示されています。
なお、法人税法で規定している経過措置工事は、個々の工事契約を指すのではなく、「平成20年4月1日から平成21年3月31日までの間に開始する事業年度に着手する工期1年以上2年未満かつ請負対価10億円以上50億円未満である工事について、そのうちいずれか一の工事でも工事進行基準の方法による経理をしていない場合におけるその事業年度に着手したすべての工事」を意味する点にご注意ください。

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